A partir de 1927 y como sucede en otros Museos de España, se paraliza un tanto la actividad, y desaparece el uso de Museo como «gabinete» de recolección, estudio y ensayo de minerales.

Durante la Guerra Civil los minerales sufren traslados, dentro del edificio, para garantizar su seguridad. En los años 40, don Carlos Muñoz Cabezón reorganiza la colección, estructurándola según la sistemática de DANA, y también por cationes, clasificación de tradición y utilidad minera.

En 1969 se lleva a cabo una nueva reordenación, dirigida por el profesor de Mineralogía don Carlos Villalón, y en 1973 se realiza un proyecto fin de carrera sobre los minerales existentes, por don Tomás Piera, que permite descubrir valiosos ejemplares olvidados y numerosas carencias. Con algunas destacadas excepciones personales, el período comprendido entre 1927 y 1983 es de abandono y olvido del Museo, por lo que, pese a su riqueza en minerales de los yacimientos clásicos europeos y americanos del siglo XIX, los ejemplares hoy comunes en los mercados están menos representados.

En 1983 es nombrado Director del Museo el profesor de Mineralogía don Benjamín Calvo, que inicia una labor de reordenación de ejemplares, agrupación de colecciones dispersas, acondicionamiento de vitrinas y cajones, y adquisición de nuevos ejemplares, mediante compra o intercambio. Se promueve la relación con otros Museos nacionales y extranjeros, y se mantiene una presencia en algunas ferias y certámenes. Igualmente, se publican folletos divulgativos y se fomenta la utilización del Museo para las clases de Mineralogía en la Escuela y las visitas de personas y colegios.

En el año 1988 el Príncipe D. Felipe de Borbón y Grecia aceptó la propuesta de dar su nombre al Museo, e inauguró las dos primeras Secciones del mismo el dia 12 de Diciembre de 1988, coincidiendo con un acto académico que se celebró en la Escuela para conmemorar el bicentenario del fallecimiento del Rey Carlos III, fundador de la Escuela de Minas.

Con la incorporación de las colecciones de minerales, fósiles y rocas al Museo Histórico-Minero Don Felipe de Borbón y Grecia, en diciembre de 1988, se plantean nuevos objetivos y actividades. Se promueve la creación de una «Fundación iberoamericana del Mineral y de la Energía», que se espera tenga su sede en el actual edificio de la Escuela en la que se integrará el Museo. Se dota un presupuesto anual en 1989, y con él se sigue la iniciada labor, que llevan a cabo en parte becarios de la propia Escuela.

En la actualidad se ha culminado la clasificación de minerales y fósiles y se han confeccionado los ficheros de las especies en reserva, todo ello informatizado. Se han reordenado y reagrupado las colecciones de Naranjo y de Cía, de Gil y Maestre, de Filipinas, y, sobre todo, la del Marqués de Elduayen. Las demás fueron renumeradas en 1923, perdiéndose todo rastro de su pertenencia primitiva, aunque los ejemplares, afortunadamente, se conservan en su mayor parte.

La valiosa biblioteca histórica vive también una etapa de resurgimiento. Gracias al esfuerzo del Catedrático don Antonio Canseco así como la labor del personal de biblioteca se han recuperado y analizado cientos de volúmenes y se limpian y microfilman otros muchos.

Se ha conseguido también hacer inventario de la importante colección de maquetas de máquinas y de instrumentos antiguos, agrupándose gran parte de las primeras en un almacén, en el que esperan su exposición definitiva.